Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- c -

• c : SHA1_WORKSPACE_BLOCK , pwiz::proteome::Fragmentation
• C : pwiz::proteome::PeptideDatabaseFormula
• c1 : TestFragmentation
• c1Plus2 : TestFragmentation
• c_str() : pwiz::minimxml::SAXParser::saxstring
• cache() : pwiz::proteome::ProteinListCache , TestOutputObserver
• cache_ : pwiz::analysis::RegionSIC , pwiz::analysis::RegionSlice , pwiz::analysis::RegionTIC , pwiz::analysis::RunSummary , pwiz::analysis::SpectrumBinaryData , pwiz::analysis::SpectrumTable , pwiz::proteome::ProteinListCache
• cacheMaxMass : pwiz::chemistry::IsotopeEnvelopeEstimator::Config
• cacheSize : pwiz::chemistry::IsotopeEnvelopeEstimator::Config
• CacheType : pwiz::msdata::SpectrumListCache , pwiz::proteome::ProteinListCache
• calcNeutralPepMass : pwiz::data::pepxml::SearchHit
• calculateDeltaMZDistribution() : pwiz::eharmony::PeptideMatcher
• calculateDeltaRTDistribution() : pwiz::eharmony::PeptideMatcher
• calculatedHydrophobicity : pwiz::eharmony::PeptideEntry
• calculateDistanceMatrix() : pwiz::eharmony::NeighborJoiner
• calculatedMass : pwiz::eharmony::FeatureSequenced , pwiz::data::pepxml::Match
• calculatedMassToCharge : pwiz::identdata::SpectrumIdentificationItem
• calculatedPI : pwiz::identdata::SpectrumIdentificationItem
• calculateMetadata() : pwiz::data::peakdata::Peakel , pwiz::data::peakdata::Feature
• calculateNoise() : pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass , pwiz::analysis::NoiseCalculator
• calculateNormalSearchRegion() : pwiz::eharmony::DatabaseQuery
• calculatePVal() : pwiz::eharmony::IslandizedDatabase::Island
• calculateSearchRegion() : pwiz::eharmony::DatabaseQuery
• calculateTolerances() : pwiz::eharmony::SearchNeighborhoodCalculator , pwiz::eharmony::NormalDistributionSearch
• calibrate() : pwiz::calibration::LeastSquaresCalibrator
• calibrationParameters : pwiz::data::peakdata::Scan , pwiz::data::FrequencyData
• CalibrationParameters() : pwiz::data::CalibrationParameters
• calibratorIterationCount : pwiz::calibration::CalibratorTrial::Configuration
• cancelIndex_ : CancelListener
• CancelListener() : CancelListener
• CancelProgressCallback() : CancelProgressCallback
• capacity() : auto_vector< T > , pwiz::minimxml::SAXParser::saxstring
• center() : pwiz::frequency::MagnitudeLorentzian , pwiz::math::Parabola
• char_type : pwiz::minimxml::basic_charcounter< Ch > , pwiz::util::SHA1SymmetricFilter
• characters() : pwiz::data::peakdata::HandlerPeak , pwiz::minimxml::SAXParser::Handler , PrintEventHandler , FirstHandler , SecondHandler , FifthHandler , pwiz::minimxml::XMLWriter , pwiz::minimxml::basic_charcounter< Ch >
• charge : pwiz::analysis::PrecursorRecalculator::PrecursorInfo , pwiz::analysis::SpectrumList_PrecursorRefine::PrecursorInfo , pwiz::identdata::IonType , pwiz::data::peakdata::PeakFamily , pwiz::data::peakdata::Feature , pwiz::msdata::SpectrumInfo::PrecursorInfo , pwiz::utility::MSIHandler::Record
• Charge : pwiz::identdata::Serializer_Text
• charge : pwiz::calibration::Calibrator::Measurement , pwiz::frequency::PeakDetectorMatchedFilter::Score
• charge_state : TestSpectrumInfo
• charges : pwiz::analysis::RunSummary::Config
• chargeState : pwiz::identdata::SpectrumIdentificationItem
• chargeStateArray : TestChargeStateCalculator
• chargeStates : pwiz::utility::MSIHandler::Record
• chargeTrue : TestInfo
• CharIndexedVector() : pwiz::util::CharIndexedVector< T >
• CharIndexedVectorConstIterator() : pwiz::util::CharIndexedVectorConstIterator< T >
• CharIndexedVectorIterator() : pwiz::util::CharIndexedVectorIterator< T >
• chars_ : pwiz::minimxml::basic_charcounter< Ch >
• checkDelimiter() : pwiz::analysis::TabularConfig
• checkSourceFiles() : pwiz::eharmony::Matcher
• child() : pwiz::identdata::TextWriter , pwiz::msdata::TextWriter , pwiz::proteome::TextWriter , pwiz::tradata::TextWriter
• ChomatogramTime : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• chromatogram() : pwiz::analysis::ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother , pwiz::analysis::ChromatogramListWrapper , MyBase , pwiz::msdata::ChromatogramList , pwiz::msdata::ChromatogramListSimple , pwiz::msdata::detail::ChromatogramList_ABI , pwiz::msdata::detail::ChromatogramList_Agilent , pwiz::msdata::detail::ChromatogramList_Bruker , pwiz::msdata::detail::ChromatogramList_Thermo , pwiz::msdata::detail::ChromatogramList_Waters
• Chromatogram() : pwiz::msdata::Chromatogram
• ChromatogramBinaryMetaData : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• chromatogramCount() : pwiz::msdata::Index_mzML
• chromatogramIdentity() : pwiz::analysis::ChromatogramListWrapper , MyBase , pwiz::msdata::Index_mzML , pwiz::msdata::ChromatogramList , pwiz::msdata::ChromatogramListSimple , pwiz::msdata::detail::ChromatogramList_ABI , pwiz::msdata::detail::ChromatogramList_Agilent , pwiz::msdata::detail::ChromatogramList_Bruker , pwiz::msdata::detail::ChromatogramList_Thermo , pwiz::msdata::detail::ChromatogramList_Waters
• ChromatogramIdentity() : pwiz::msdata::ChromatogramIdentity
• ChromatogramIndex : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• ChromatogramIntensity : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother() : pwiz::analysis::ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother
• chromatogramListPtr : pwiz::msdata::Run
• ChromatogramListWrapper() : pwiz::analysis::ChromatogramListWrapper
• ChromatogramLoadPolicy : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• chromatogramLoadPolicy_ : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• ChromatogramMetaData : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• ChromatogramMZ5() : pwiz::msdata::mz5::ChromatogramMZ5
• chromatograms : pwiz::msdata::ChromatogramListSimple
• circle : pwiz::analysis::Pseudo2DGel , pwiz::util::Image
• clean() : pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5
• clear() : pwiz::data::ParamContainer , pwiz::identdata::Pep2MzIdent , pwiz::proteome::ModificationMap , pwiz::minimxml::SAXParser::saxstring , pwiz::util::CharIndexedVector< T > , pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor > , pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , auto_vector< T >
• clearBinaryData() : pwiz::msdata::SpectrumInfo
• clip() : pwiz::util::Image
• clipNTerminalMethionine : pwiz::proteome::Digestion::Config
• close() : pwiz::eharmony::SearchNeighborhoodCalculator , pwiz::eharmony::NormalDistributionSearch , pwiz::analysis::MSDataAnalyzer , pwiz::analysis::MSDataAnalyzerContainer , SimpleAnalyzer , pwiz::analysis::PepxmlRecordReader , pwiz::analysis::Pseudo2DGel , pwiz::analysis::RegionAnalyzer , pwiz::analysis::RegionSIC , pwiz::analysis::RegionSlice , pwiz::analysis::RegionTIC , pwiz::analysis::RunSummary , pwiz::analysis::SpectrumTable , pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5 , pwiz::util::random_access_compressed_ifstream , pwiz::util::SHA1SymmetricFilter , pwiz::util::SHA1Calculator , pwiz::utility::TabHandler , pwiz::utility::DefaultTabHandler
• closed : SimpleAnalyzer
• closed_ : pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5
• CLP_InitializeAllOnCreation : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• CLP_InitializeAllOnFirstCall : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• cN : TestFragmentation
• cNPlus2 : TestFragmentation
• code : pwiz::identdata::Residue , pwiz::identdata::AmbiguousResidue
• coefficients() : pwiz::frequency::MagnitudeLorentzian , pwiz::math::Parabola
• coefficients_ : pwiz::eharmony::LinearWarpFunction , pwiz::eharmony::PiecewiseLinearWarpFunction , pwiz::eharmony::SplineWarpFunction
• collapseRadius : pwiz::frequency::PeakDetectorMatchedFilter::Config
• collisionEnergy : ScanHeaderStruct
• color : Reader2::ReaderConfig , Reader2::Config
• Color() : pwiz::util::Image::Color
• columns() : pwiz::utility::DefaultTabHandler
• comments : pwiz::data::pepxml::MixtureModel
• compact() : auto_vector< T >
• compare : TestOperator
• compensationVoltage : ScanHeaderStruct
• Component() : pwiz::msdata::Component
• componentList : pwiz::msdata::InstrumentConfiguration
• ComponentListMZ5() : pwiz::msdata::mz5::ComponentListMZ5
• ComponentMZ5() : pwiz::msdata::mz5::ComponentMZ5
• components : pwiz::msdata::mz5::InstrumentConfigurationMZ5
• ComponentsMZ5() : pwiz::msdata::mz5::ComponentsMZ5
• Compound() : pwiz::tradata::Compound
• compoundPtr : pwiz::tradata::Transition , pwiz::tradata::Target
• compoundPtrs : pwiz::tradata::TraData
• compression : pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config
• Compression : pwiz::msdata::BinaryDataEncoder
• Compression_None : pwiz::msdata::BinaryDataEncoder
• Compression_Zlib : pwiz::msdata::BinaryDataEncoder
• compressionType : pwiz::util::random_access_compressed_ifstream
• confident : pwiz::calibration::CalibratorTrial::State
• Config() : pwiz::proteome::Serializer_FASTA::Config , Reader1::Config , Reader2::Config , pwiz::chemistry::IsotopeEnvelopeEstimator::Config , Reader2::Config , pwiz::minimxml::XMLWriter::Config
• config : pwiz::analysis::PepxmlRecordReader , Reader1
• Config() : pwiz::msdata::SpectrumIterator::Config
• config : Reader2 , pwiz::frequency::PeakDetectorMatchedFilter
• Config() : pwiz::frequency::FrequencyEstimatorPhysicalModel::Config , pwiz::msdata::Serializer_mzML::Config , pwiz::frequency::PeakDetectorMatchedFilter::Config , pwiz::analysis::MSDataCache::Config , pwiz::analysis::PepxmlRecordReader::Config , pwiz::analysis::Pseudo2DGel::Config , pwiz::analysis::RegionAnalyzer::Config , pwiz::identdata::Serializer_mzIdentML::Config , pwiz::analysis::RegionSIC::Config , pwiz::analysis::RegionSlice::Config , pwiz::analysis::RegionTIC::Config , pwiz::analysis::PrecursorRecalculatorDefault::Config , pwiz::analysis::RunSummary::Config , pwiz::analysis::SpectrumBinaryData::Config , pwiz::analysis::SpectrumTable::Config , pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola::Config , pwiz::analysis::FeatureDetectorPeakel::Config , pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass::Config , pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config , pwiz::analysis::PeakelPicker_Basic::Config , pwiz::analysis::PeakFamilyDetectorFT::Config , pwiz::analysis::PeakFinder_SNR::Config , pwiz::analysis::MS2Deisotoper::Config , pwiz::analysis::MS2NoiseFilter::Config , pwiz::analysis::PrecursorMassFilter::Config , pwiz::identdata::Reader::Config , Reader1::Config , Reader2::Config , pwiz::identdata::Serializer_pepXML::Config , pwiz::identdata::Serializer_protXML::Config , pwiz::identdata::Serializer_Text::Config , pwiz::msdata::BinaryDataEncoder::Config , pwiz::msdata::Reader::Config , pwiz::msdata::Serializer_mzXML::Config , pwiz::msdata::SpectrumIterator::Config , pwiz::proteome::Digestion::Config , pwiz::proteome::Reader_FASTA::Config , Reader1::Config
• config_ : pwiz::analysis::RegionSIC , pwiz::analysis::RegionTIC , pwiz::analysis::SpectrumBinaryData , pwiz::analysis::SpectrumTable , pwiz::analysis::NoiseCalculator_2Pass , pwiz::analysis::PeakelPicker_Basic , pwiz::analysis::PeakFinder_SNR , pwiz::analysis::PeakFitter_Parabola , pwiz::data::diff_impl::Same< object_type, config_type > , pwiz::data::diff_impl::SameDeep< object_type, config_type > , pwiz::identdata::Serializer_mzIdentML , pwiz::identdata::Serializer_pepXML , pwiz::identdata::Serializer_protXML , pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5 , pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5 , pwiz::proteome::Serializer_FASTA , pwiz::proteome::Reader_FASTA , pwiz::data::Diff< object_type, config_type, object_result_type > , pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity , pwiz::analysis::RunSummary
• Configuration() : pwiz::calibration::CalibratorTrial::Configuration
• configuration() : pwiz::calibration::CalibratorTrial
• Configuration_mz5() : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• configurationList : pwiz::tradata::Transition , pwiz::tradata::Target
• Connection_mz5() : pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5
• const_iterator : auto_vector< T > , pwiz::analysis::PepxmlRecordReader , pwiz::data::FrequencyData , pwiz::math::OrderedPairContainerRef , pwiz::util::CharIndexedVectorIterator< T > , pwiz::util::CharIndexedVectorConstIterator< T > , pwiz::util::IntegerSet , pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor > , pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::proteome::IPIFASTADatabase , pwiz::proteome::Digestion , pwiz::proteome::Digestion::const_iterator , pwiz::utility::VectorTabHandler , pwiz::util::CharIndexedVector< T >
• const_iterator::Impl : pwiz::proteome::Digestion
• const_pointer : pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc >
• const_reference : pwiz::util::CharIndexedVectorIterator< T > , pwiz::util::CharIndexedVectorConstIterator< T > , pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc >
• const_reverse_iterator : pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor > , auto_vector< T > , pwiz::util::CharIndexedVector< T > , pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc >
• Contact : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5 , pwiz::identdata::Contact , pwiz::tradata::Contact
• contactPtr : pwiz::tradata::Configuration , pwiz::identdata::ContactRole , pwiz::tradata::Prediction
• contactPtrs : pwiz::tradata::TraData
• ContactRole() : pwiz::identdata::ContactRole
• contactRole : pwiz::identdata::Sample
• contactRolePtr : pwiz::identdata::AnalysisSoftware , pwiz::identdata::Provider
• contacts : pwiz::msdata::FileDescription
• contacts_ : pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
• container : pwiz::data::FrequencyData
• contains() : pwiz::util::IntegerSet::Interval , pwiz::util::IntegerSet
• ControlledVocabulary : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• contvacb_ : pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
• ContVocabMZ5() : pwiz::msdata::mz5::ContVocabMZ5
• convert() : pwiz::msdata::mz5::ParamListMZ5 , pwiz::msdata::mz5::SampleMZ5 , pwiz::msdata::mz5::ScanSettingMZ5 , pwiz::msdata::mz5::ParamListMZ5 , pwiz::msdata::mz5::SourceFileMZ5 , pwiz::msdata::mz5::BinaryDataMZ5 , pwiz::msdata::mz5::ContVocabMZ5 , pwiz::msdata::mz5::SoftwareMZ5 , pwiz::msdata::mz5::DataProcessingMZ5 , pwiz::msdata::mz5::BinaryDataMZ5 , pwiz::msdata::mz5::ParamListMZ5
• correct : pwiz::calibration::CalibratorTrial::State
• Correlation() : pwiz::math::MatchedFilter::Correlation< Y >
• correlation_data_type : pwiz::math::MatchedFilter::KernelTraits< Kernel >
• correlation_space_type : pwiz::math::MatchedFilter::KernelTraits< Kernel >
• correlation_type : pwiz::math::MatchedFilter::KernelTraits< Kernel >
• cosBx_ : ParametrizedCosine
• count : SimpleProgressCallback , TestReader , pwiz::Bin< T > , pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , TestListener , NestedHandler , CancelProgressCallback
• count_ : TestListener
• covariance() : pwiz::math::Stats
• cp : pwiz::analysis::PeakFamilyDetectorFT::Config
• create() : pwiz::calibration::CalibratorTrial , pwiz::frequency::PeakDetectorMatchedFilter , pwiz::data::MemoryIndex , pwiz::analysis::FeatureDetectorPeakel , pwiz::msdata::SpectrumList_mzML , pwiz::proteome::PeptideDatabase , pwiz::data::Index , pwiz::calibration::MassSpread , pwiz::msdata::SpectrumList_mzXML , pwiz::msdata::ChromatogramList_mzML , pwiz::msdata::SpectrumList_BTDX , pwiz::msdata::SpectrumList_MGF , pwiz::msdata::SpectrumList_mz5 , pwiz::calibration::MassSpread , pwiz::calibration::ErrorEstimator , pwiz::proteome::PeptideDatabase , pwiz::util::Image , pwiz::calibration::CalibratorLog , pwiz::msdata::ChromatogramList_mz5 , pwiz::data::BinaryIndexStream , pwiz::msdata::SpectrumList_MSn , pwiz::calibration::Calibrator , pwiz::frequency::PeakDetectorNaive , pwiz::frequency::FrequencyEstimatorSimple , pwiz::frequency::ParameterEstimator , pwiz::frequency::FrequencyEstimatorPhysicalModel , pwiz::frequency::TruncatedLorentzianEstimator , pwiz::calibration::LeastSquaresCalibrator
• createAndWrite1DDataSet() : pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5
• createFromPeptideDatabase() : pwiz::calibration::MassDatabase
• createFromTextFile() : pwiz::calibration::MassDatabase
• createIntegerTestDatabase() : pwiz::calibration::MassDatabase
• createMap() : pwiz::identdata::CVMap
• creationDate : pwiz::identdata::IdentData
• CSHA1() : CSHA1
• cTermGain : pwiz::identdata::Enzyme
• CTerminus() : pwiz::proteome::ModificationMap
• CTerminusIsSpecific() : pwiz::proteome::DigestedPeptide
• CTerminusIsSpecific_ : pwiz::proteome::DigestedPeptide
• CTerminusSuffix() : pwiz::proteome::DigestedPeptide
• CTerminusSuffix_ : pwiz::proteome::DigestedPeptide
• current_line : pwiz::identdata::DelimWriter
• customizations : pwiz::identdata::AnalysisSoftware
• CustomPair() : CustomPair
• cut : pwiz::data::pepxml::Specificity , pwiz::identdata::PepXMLSpecificity
• cutoffNoiseFloor() : pwiz::data::FrequencyData
• cvFilterItems : pwiz::analysis::SpectrumList_FilterPredicate_AnalyzerType , pwiz::analysis::SpectrumList_FilterPredicate_ActivationType
• cvFromIndexMapping_ : pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
• cvid : pwiz::data::CVParam , pwiz::cv::CVTermInfo , pwiz::identdata::CVMap
• cvid_ : pwiz::data::CVParamIsChildOf , pwiz::data::CVParamIs
• CVIDMatchCVMap() : pwiz::identdata::CVIDMatchCVMap
• CVMap() : pwiz::identdata::CVMap
• CVParam() : pwiz::data::CVParam
• cvParam() : pwiz::data::ParamContainer
• CVParam() : pwiz::data::CVParam , pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5 , pwiz::data::CVParam
• cvParamChild() : pwiz::data::ParamContainer
• cvParamChildren() : pwiz::data::ParamContainer
• cvParamEndID : pwiz::msdata::mz5::ParamListMZ5Data
• CVParamIs() : pwiz::data::CVParamIs
• CVParamIsChildOf() : pwiz::data::CVParamIsChildOf
• CVParamMZ5() : pwiz::msdata::mz5::CVParamMZ5
• cvParams : pwiz::data::ParamContainer
• cvParams_ : pwiz::msdata::mz5::ReferenceRead_mz5 , pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
• cvParamStartID : pwiz::msdata::mz5::ParamListMZ5Data
• CVReference : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• CVRefMZ5() : pwiz::msdata::mz5::CVRefMZ5
• cvrefs_ : pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5 , pwiz::msdata::mz5::ReferenceRead_mz5
• cvs : pwiz::msdata::MSData , pwiz::identdata::IdentData , pwiz::tradata::TraData
• CVTermInfo() : pwiz::cv::CVTermInfo
• cvToIndexMapping_ : pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
• CVTranslator() : pwiz::data::CVTranslator