Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- r -

• radius : pwiz::analysis::RegionSIC::Config
• RadiusUnits : pwiz::analysis::RegionSIC::Config
• radiusUnits : pwiz::analysis::RegionSIC::Config
• RadiusUnits_amu : pwiz::analysis::RegionSIC::Config
• RadiusUnits_ppm : pwiz::analysis::RegionSIC::Config
• RadiusUnits_Unknown : pwiz::analysis::RegionSIC::Config
• RAMPAdapter() : pwiz::msdata::RAMPAdapter
• random_access_compressed_ifstream() : pwiz::util::random_access_compressed_ifstream
• range() : pwiz::calibration::MassDatabase
• rank : pwiz::identdata::SpectrumIdentificationItem
• raw_data : pwiz::data::pepxml::MSMSRunSummary , pwiz::data::pepxml::MSMSPipelineAnalysis
• raw_data_type : pwiz::data::pepxml::MSMSPipelineAnalysis , pwiz::data::pepxml::MSMSRunSummary
• rbegin() : auto_vector< T > , pwiz::proteome::ModificationMap , pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor > , pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc >
• rdccSolts_ : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• read() : pwiz::identdata::DelimReader , pwiz::data::pepxml::AnalysisResult , pwiz::proteome::ReaderList , pwiz::data::pepxml::AlternativeProtein , pwiz::proteome::Reader_FASTA , Reader1 , pwiz::identdata::DelimReader , pwiz::data::pepxml::ModAminoAcidMass , Reader2 , pwiz::proteome::Serializer_FASTA , pwiz::data::pepxml::ModificationInfo , pwiz::tradata::Reader , pwiz::identdata::DelimReader , pwiz::data::pepxml::Parameter , pwiz::tradata::ReaderList , pwiz::data::pepxml::SearchScore , pwiz::tradata::ReaderList , pwiz::identdata::MascotReader , pwiz::data::pepxml::SearchHit , Reader1 , pwiz::data::pepxml::SearchResult , Reader2 , pwiz::identdata::MascotReader , pwiz::data::pepxml::EnzymaticSearchConstraint , pwiz::tradata::Serializer_traML , pwiz::msdata::Reader_ABI , pwiz::data::pepxml::AminoAcidModification , pwiz::msdata::Reader_ABI , pwiz::msdata::Reader_ABI_T2D , pwiz::identdata::MascotReader , pwiz::data::pepxml::SearchSummary , pwiz::msdata::Reader_ABI_T2D , pwiz::msdata::Reader_Agilent , pwiz::data::pepxml::SpectrumQuery , pwiz::msdata::Reader_Agilent , pwiz::msdata::Reader_Bruker , pwiz::identdata::Reader , pwiz::data::pepxml::MSMSRunSummary , pwiz::msdata::Reader_Bruker , pwiz::msdata::Reader_Thermo , pwiz::data::pepxml::MSMSPipelineAnalysis , pwiz::msdata::Reader_Thermo , pwiz::msdata::Reader_Waters , pwiz::identdata::Reader , pwiz::data::pepxml::Match , pwiz::msdata::Reader_Waters , pwiz::minimxml::basic_charcounter< Ch > , pwiz::data::pepxml::MatchData , pwiz::identdata::Reader , pwiz::data::peakdata::Peak , pwiz::data::peakdata::PeakFamily , pwiz::identdata::Reader , pwiz::data::peakdata::Scan , pwiz::data::peakdata::Software::Parameter , pwiz::identdata::Reader , pwiz::data::peakdata::Software , pwiz::data::peakdata::PeakData , pwiz::identdata::ReaderList , pwiz::data::peakdata::Peakel , pwiz::data::peakdata::Feature , pwiz::identdata::ReaderList , pwiz::data::peakdata::FeatureFile , pwiz::msdata::Reader_mzML , pwiz::identdata::ReaderList , pwiz::msdata::Reader_mzML , pwiz::msdata::Reader_mzXML , pwiz::identdata::ReaderList , pwiz::msdata::Reader_mzXML , pwiz::msdata::Reader_MGF , pwiz::identdata::ReaderList , pwiz::msdata::Reader_MGF , pwiz::msdata::Reader_MSn , pwiz::identdata::ReaderList , pwiz::msdata::Reader_MSn , pwiz::msdata::Reader_BTDX , Reader1 , pwiz::msdata::Reader_BTDX , pwiz::msdata::Reader_mz5 , Reader1 , pwiz::msdata::Reader_mz5 , TestReader , Reader2 , TestReader , pwiz::msdata::mz5::SourceFileMZ5 , Reader2 , pwiz::msdata::mz5::SampleMZ5 , pwiz::msdata::mz5::SoftwareMZ5 , pwiz::identdata::Serializer_mzIdentML , pwiz::msdata::mz5::ScanSettingMZ5 , pwiz::msdata::mz5::InstrumentConfigurationMZ5 , pwiz::eharmony::AMTContainer , pwiz::identdata::Serializer_pepXML , pwiz::msdata::mz5::DataProcessingMZ5 , pwiz::msdata::Reader , pwiz::identdata::Serializer_protXML , pwiz::msdata::Reader , pwiz::msdata::ReaderList , pwiz::eharmony::Observation , pwiz::identdata::Serializer_Text , pwiz::msdata::ReaderList , pwiz::data::FrequencyData , pwiz::msdata::ReaderList , Reader1 , pwiz::eharmony::ModificationStateEntry , pwiz::data::FrequencyData , Reader1 , Reader2 , pwiz::data::pepxml::Specificity , Reader2 , pwiz::msdata::Serializer_MGF , pwiz::eharmony::PeptideEntry , pwiz::data::pepxml::SampleEnzyme , pwiz::msdata::Serializer_MSn , pwiz::msdata::Serializer_mz5 , pwiz::data::pepxml::SearchDatabase , pwiz::msdata::Serializer_mz5 , pwiz::msdata::Serializer_mzML , pwiz::eharmony::MSIAMTData , pwiz::data::pepxml::Q3RatioResult , pwiz::msdata::Serializer_mzXML , TestReader , pwiz::data::pepxml::PeptideProphetResult , pwiz::proteome::Reader
• readAnalysisData : pwiz::identdata::Serializer_mzIdentML::Config
• readAndWriteChromatograms() : pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
• readAndWriteSpectra() : pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
• readDataSet() : pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5
• Reader_FASTA() : pwiz::proteome::Reader_FASTA
• ReaderConfig() : Reader1::ReaderConfig , Reader2::ReaderConfig
• readerConfig : Reader1 , Reader2
• ReaderFail() : pwiz::identdata::ReaderFail , pwiz::msdata::ReaderFail , pwiz::proteome::ReaderFail , pwiz::tradata::ReaderFail
• readFile() : pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5
• readIds() : pwiz::msdata::Reader , pwiz::msdata::ReaderList , pwiz::msdata::Reader_ABI
• ReadOnly : pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5
• readSequenceCollection : pwiz::identdata::Serializer_mzIdentML::Config
• readSourceFiles() : pwiz::eharmony::Matcher
• readSpectrumQueries : pwiz::identdata::Serializer_pepXML::Config , pwiz::identdata::Serializer_protXML::Config
• readTrialData() : pwiz::calibration::CalibratorTrial::Configuration
• ReadWrite : pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5
• real : TestDatum , pwiz::math::Random
• rebin() : pwiz::Bin< T >
• recalculate() : pwiz::calibration::MassSpread , pwiz::analysis::PrecursorRecalculator , pwiz::analysis::PrecursorRecalculatorDefault
• Record() : pwiz::proteome::IPIFASTADatabase::Record , pwiz::peptideid::PeptideID::Record
• record() : pwiz::analysis::PepxmlRecordReader::record , pwiz::analysis::PepxmlRecordReader::Config , pwiz::peptideid::PeptideID , pwiz::peptideid::PeptideID_flat , pwiz::peptideid::PeptideID_pepXml , pwiz::peptideid::PeptideIDMap , pwiz::utility::MSIHandler
• Record() : pwiz::peptideid::PeptideID::Record , pwiz::utility::MSIHandler::Record
• recordDelim : pwiz::identdata::Serializer_Text::Config
• records() : pwiz::proteome::PeptideDatabase , pwiz::proteome::IPIFASTADatabase
• recordset : pwiz::analysis::PepxmlRecordReader
• recreate() : pwiz::msdata::Index_mzML
• rectangle() : pwiz::util::Image
• red : pwiz::util::Image::Color
• reference : pwiz::msdata::SpectrumIterator , pwiz::proteome::Digestion::const_iterator , pwiz::util::CharIndexedVectorIterator< T > , pwiz::util::CharIndexedVectorConstIterator< T > , pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::IntegerSet::Iterator
• reference_ : pwiz::analysis::RTMatches_IsContainedIn< T >
• ReferenceRead_mz5() : pwiz::msdata::mz5::ReferenceRead_mz5
• ReferenceWrite_mz5() : pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
• refID : pwiz::msdata::mz5::RefMZ5Data
• RefineMassVal() : pwiz::analysis::SpectrumList_PrecursorRefine
• RefListMZ5() : pwiz::msdata::mz5::RefListMZ5
• RefMZ5() : pwiz::msdata::mz5::RefMZ5
• RefParam : pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
• refParamGroupEndID : pwiz::msdata::mz5::ParamListMZ5Data
• refParamGroupStartID : pwiz::msdata::mz5::ParamListMZ5Data
• refParms_ : pwiz::msdata::mz5::ReferenceRead_mz5 , pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
• RegexCVMap() : pwiz::identdata::RegexCVMap
• RegionAnalyzer() : pwiz::analysis::RegionAnalyzer
• regionAnalyzer_ : pwiz::analysis::RegionTIC , pwiz::analysis::RegionSIC , pwiz::analysis::RegionSlice
• RegionSIC() : pwiz::analysis::RegionSIC
• RegionSlice() : pwiz::analysis::RegionSlice
• RegionTIC() : pwiz::analysis::RegionTIC
• relation_map : pwiz::data::Term
• relations : pwiz::data::Term
• relativeArea : pwiz::eharmony::IslandizedDatabase::Island
• relaxLowMass : pwiz::analysis::MS2NoiseFilter::Config , TestMS2Denoise
• releaseDate : pwiz::identdata::SearchDatabase
• remove() : pwiz::analysis::MZRTField< T >
• remove_zeros() : pwiz::analysis::ExtraZeroSamplesFilter
• RemoveAndCreate : pwiz::msdata::mz5::Connection_mz5
• removeListener() : pwiz::util::IterationListenerRegistry
• removeNeutralLossPrecursors : TestETDMassFilter
• removeNeutralLossSpecies : pwiz::analysis::PrecursorMassFilter::Config
• removePrecursor : pwiz::analysis::PrecursorMassFilter::Config , TestETDMassFilter
• removeReducedChargePrecursors : TestETDMassFilter , pwiz::analysis::PrecursorMassFilter::Config
• rend() : pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor > , pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::proteome::ModificationMap , auto_vector< T > , pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , auto_vector< T >
• replacementResidue : pwiz::identdata::SubstitutionModification
• REPORT_DIGIT : CSHA1
• REPORT_HEX : CSHA1
• REPORT_HEX_SHORT : CSHA1
• REPORT_TYPE : CSHA1
• ReportHash() : CSHA1
• ReportHashStl() : CSHA1
• reserve() : auto_vector< T >
• reset() : pwiz::util::SHA1Calculator
• Reset() : CSHA1
• Residue() : pwiz::identdata::Residue
• residueFormula : pwiz::proteome::AminoAcid::Info::Record
• residues : pwiz::identdata::Modification , pwiz::identdata::SearchModification , pwiz::identdata::MassTable
• resize() : pwiz::minimxml::SAXParser::saxstring , auto_vector< T >
• result_type : EnzymePtr_missedCleavages , EnzymePtr_specificity
• results() : pwiz::calibration::CalibratorTrial
• retentionTime : ScanHeaderStruct , pwiz::tradata::Target , Simple , pwiz::data::peakdata::Feature , pwiz::msdata::SpectrumInfo , pwiz::data::peakdata::Peakel , Goober , pwiz::data::FrequencyData , pwiz::data::peakdata::Scan , pwiz::data::peakdata::Peak , pwiz::tradata::Transition
• retentionTimeMax() : pwiz::data::peakdata::Feature , Simple , pwiz::data::peakdata::Peakel , Goober
• retentionTimeMin() : pwiz::data::peakdata::Feature , pwiz::data::peakdata::Peakel , Goober , Simple
• retentionTimes : pwiz::tradata::Compound , pwiz::tradata::Peptide
• retentionTimeSec : pwiz::peptideid::PeptideID::Location , pwiz::data::pepxml::SpectrumQuery , pwiz::peptideid::PeptideID::Record
• reverse_iterator : pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc > , pwiz::util::CharIndexedVector< T > , pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor > , auto_vector< T > , pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc >
• reverseTranslate() : pwiz::msdata::mz5::Translator_mz5
• reverseTranslateIntensity() : pwiz::msdata::mz5::Translator_mz5
• reverseTranslateMZ() : pwiz::msdata::mz5::Translator_mz5
• Revision() : pwiz::analysis::Version , pwiz::msdata::Version , pwiz::Version , pwiz::tradata::Version , pwiz::identdata::Version , pwiz::proteome::Version
• rhsPeptide : TestOperator
• rl_ : pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
• roc_data_point : pwiz::data::pepxml::PeptideProphetSummary
• RootHandler() : RootHandler
• Rt : pwiz::identdata::Serializer_Text
• rt : SetRetentionTime
• rt_ : pwiz::analysis::RTMatches_Contains< T >
• rtAdjusted : pwiz::eharmony::AMTContainer
• RTMatches_Contains() : pwiz::analysis::RTMatches_Contains< T >
• RTMatches_IsContainedIn() : pwiz::analysis::RTMatches_IsContainedIn< T >
• rtMax : pwiz::eharmony::IslandizedDatabase::Island , Simple
• rtMean : pwiz::eharmony::IslandizedDatabase::Island
• rtMedian : pwiz::eharmony::IslandizedDatabase::Island
• rtMin : pwiz::eharmony::IslandizedDatabase::Island , Simple
• rtRange : pwiz::analysis::RegionAnalyzer::Config
• rtTolerance : pwiz::analysis::PeakelGrower_Proximity::Config , pwiz::analysis::PeakelPicker_Basic::Config
• rtTolerance_ : pwiz::analysis::RTMatches_IsContainedIn< T > , pwiz::analysis::RTMatches_Contains< T >
• rtVariance : pwiz::data::peakdata::Feature
• Run() : pwiz::msdata::Run , pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5 , pwiz::msdata::Run
• run : pwiz::msdata::MSData , pwiz::calibration::CalibratorTrial
• runID : pwiz::eharmony::Observation
• RunMZ5() : pwiz::msdata::mz5::RunMZ5
• RunSummary() : pwiz::analysis::RunSummary